Diversiteti i peshkut në zonën e Ulqinit është zvogëluar shumë dekadave të kaluara me intervenime të shumta antropogjene, siç janë ndërtimi i digave në Drin të Shqipërisë (çka ka ndikuar në zvogëlimin e ishullit në Bunë dhe humbjen e vendeve për shumëzim në rrjedhën e sipërme), ndërtimi i Kripores (humbje e vendeve të mëdha për shumëzim në gjirin e dikurshëm), ndotja dhe mirëmbajtja joadekuate e zonave të mbetura moçalore dhe relikteve të gjirit të lidhura me Port Milenë (humbja e habitateve).
Pavarësisht nga këto intervenime, sistemi ujor i deltës së Bunës ende është habitat shumë i rëndësishëm i peshkut. Ekspertët nga Shqipëria dhe Mali i Zi kanë regjistruar 143 lloje dhe nënlloje të peshkut, ndërsa 107 lloje të peshkut janë regjistruar në pjesën e Malit të Zi (në Liqenin e Shasit, Bunë dhe det).
Në Bunë mund të gjenden 13 lloje të peshkut që migrojnë nga Liqeni i Shkodrës në Detin Adriatik dhe anasjelltas. Gati 70 % e llojeve lumore të peshkut janë lloje të krapit.
Përveç peshkut, në këtë zonë në numër më të vogël akoma ekzistojnë: sepja evropiane, oktopodi, midhjet, gaforret, guacat dhe yjet e detit.
