Gjatë sundimit të Venedikasve, në Kala në vitin 1510, u ndërtua kisha e Shën Marisë, e cila pasi osmanët pushtuan Ulqinin, u riemërua xhamia e Sulltan Selimit II.
Ishte e ashtuquajtura xhamia perandorake, ku takoheshin kapedanët e Ulqinit kur duhej të merrej një vendim i rëndësishëm.
Minarja e xhamisë u shtua në vitin 1693, dhe dy shekuj më vonë funksioni fetar i kësaj ndërtese pushoi.
Kisha-xhami është monumenti më i bukur i bashkëjetesës së Perëndimit dhe Lindjes në arkitekturën e Ulqinit.
Ajo ndërtesë me vendimin e Kuvendit komunal nga viti 1975 u bë Muzeu i Qytetit.
